| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
|
Data corrente: |
03/01/2018 |
|
Data da última atualização: |
03/01/2018 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
LAGROTTA, M. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; DUARTE, D. A. S.; AZEVEDO, C. F.; MOTA, R. R. |
|
Afiliação: |
Marcos Rodrigues Lagrotta, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri; Fabyano Fonseca e Silva, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Moysés Nascimento, UFV; Darlene Ana Souza Duarte, UFV; Camila Ferreira Azevedo, UFV; Rodrigo Reis Mota, University of Liège. |
|
Título: |
Computação paralela aplicada à seleção genômica via inferência Bayesiana. |
|
Ano de publicação: |
2017 |
|
Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Biometria, Lavras, v. 35, n. 3, p. 440-448, 2017. |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
Em seleção genômica (SG), o grande número de marcadores moleculares utilizados, bem como a demanda computacional dos modelos bayesianos, fundamentados nos algoritmos Monte Carlo Via Cadeias de Markov, faz com que as análises exijam semanas ou até meses de processamento. A computação paralela representa uma solução natural para este problema, visto que esta subdividi um algoritmo em várias tarefas independentes, as quais podem ser processadas em paralelo, reduzindo o tempo de processamento. Objetivou-se comparar a eficiência de processamento do método BayesCπ programado em paralelo com o seu algoritmo sequencial padrão. Duas estratégias de paralelização foram estudadas. A primeira envolveu a análise de múltiplas cadeias MCMC em paralelo, e a segunda referiu-se à paralelização de uma única cadeia MCMC. Utilizou-se a biblioteca MPI e o pacote OpenMPI associado ao compilador gfortran para execução em paralelo desses algoritmos. Foram utilizados dados simulados considerando 10.000 marcadores SNPs e 4.100 indivíduos. O algoritmo sequencial padrão foi processado em 77,29 horas. Ao usar múltiplas cadeias em paralelo o processamento foi 77% mais rápido (17,75hs), enquanto que a estratégia de paralelização de uma única cadeia apresentou um ganho de desempenho de 15% (65,37hs). Conclui-se que a computação paralela é eficiente e pode ser aplicada à SG. |
|
Palavras-Chave: |
Marcadores SNP; Regressão Bayesiana. |
|
Thesaurus Nal: |
Genetic improvement; Statistics. |
|
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/170170/1/2017-M.Deon-RBM-Computacao.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02126naa a2200241 a 4500
001 2084055
005 2018-01-03
008 2017 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aLAGROTTA, M. R.
245 $aComputação paralela aplicada à seleção genômica via inferência Bayesiana.$h[electronic resource]
260 $c2017
520 $aEm seleção genômica (SG), o grande número de marcadores moleculares utilizados, bem como a demanda computacional dos modelos bayesianos, fundamentados nos algoritmos Monte Carlo Via Cadeias de Markov, faz com que as análises exijam semanas ou até meses de processamento. A computação paralela representa uma solução natural para este problema, visto que esta subdividi um algoritmo em várias tarefas independentes, as quais podem ser processadas em paralelo, reduzindo o tempo de processamento. Objetivou-se comparar a eficiência de processamento do método BayesCπ programado em paralelo com o seu algoritmo sequencial padrão. Duas estratégias de paralelização foram estudadas. A primeira envolveu a análise de múltiplas cadeias MCMC em paralelo, e a segunda referiu-se à paralelização de uma única cadeia MCMC. Utilizou-se a biblioteca MPI e o pacote OpenMPI associado ao compilador gfortran para execução em paralelo desses algoritmos. Foram utilizados dados simulados considerando 10.000 marcadores SNPs e 4.100 indivíduos. O algoritmo sequencial padrão foi processado em 77,29 horas. Ao usar múltiplas cadeias em paralelo o processamento foi 77% mais rápido (17,75hs), enquanto que a estratégia de paralelização de uma única cadeia apresentou um ganho de desempenho de 15% (65,37hs). Conclui-se que a computação paralela é eficiente e pode ser aplicada à SG.
650 $aGenetic improvement
650 $aStatistics
653 $aMarcadores SNP
653 $aRegressão Bayesiana
700 1 $aSILVA, F. F. e
700 1 $aRESENDE, M. D. V. de
700 1 $aNASCIMENTO, M.
700 1 $aDUARTE, D. A. S.
700 1 $aAZEVEDO, C. F.
700 1 $aMOTA, R. R.
773 $tRevista Brasileira de Biometria, Lavras$gv. 35, n. 3, p. 440-448, 2017.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 10 | |
| 1. |  | LEHNER, H. G.; LAGROTTA, M. R.; VELOSO, A. V.; SILVA, L. P. da; EUCLYDES, R. F.; VERNEQUE, R. da S. Herdalidade e tendência genética para algumas características morfológicas em vacas da raça Gir. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE AGROPECUÁRIA SUSTENTÁVEL, 1., 2009, Viçosa, MG. Anais... Viçosa, MG: UFV, 2009. p, 340-343.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
|   |
| 2. | | LEHNER, H. G.; LAGROTTA, M. R.; VELOSO, A. V.; RIBEIRO, J. C.; EUCLYDES, R. F.; VERNEQUE, R. da S. Inserção do úbere anterior versus eficiência produtiva em vacas da raça Gir. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE AGROPECUÁRIA SUSTENTÁVEL, 1., 2009, Viçosa, MG. Anais... Viçosa, MG: UFV, 2009. p. 344-346| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 3. | | JUNQUEIRA, R. P.; SANTANA JR, M. L.; LOPES, P. S.; VERNEQUE, R. da S.; LAGROTTA, M. R.; TORRES, R. DE A.; PEIXOTO, M. G. C. D. Avaliação de modelos de regressão aleatória para produção de leite no dia do controle em bovinos Gir Leiteiro. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 46., 2009, Maringá. Anais... Maringá: SBZ, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
|  |
| 4. | | LAGROTTA, M. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; DUARTE, D. A. S.; AZEVEDO, C. F.; MOTA, R. R. Computação paralela aplicada à seleção genômica via inferência Bayesiana. Revista Brasileira de Biometria, Lavras, v. 35, n. 3, p. 440-448, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
| |
| 5. | | PEREIRA, R. J.; LOPES, P. S.; VERNEQUE, R. da S.; SANTANA JUNIOR, M. L.; LAGROTTA, M. R.; TORRES, R. de A. Funções de covariância para produção de leite no dia do controle em bovinos Gir Leiteiro. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 45, n. 11, p. 1303-1311, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 6. | | LAGROTTA, M. R.; EUCLYDES, R. F.; VERNEQUE, R. da S.; SANTANA JUNIOR, M. L.; PEREIRA, R. J.; TORRES, R. de A. Relação entre características morfológicas e produção de leite em vacas da raça Gir. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 45, n. 4, p. 423-429, abr. 2010 Título em inglês: Relationship between morphological traits and milk yield in Gir breed cows.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 7. | | SANTANA JUNIOR, M. L.; LOPES, P. S.; VERNEQUE, R. da S.; PEREIRA, R. J.; LAGROTTA, M. R.; PEIXOTO, M. G. C. D. Parâmetros genéticos de características reprodutivas de touros e vacas Gir leiteiro. Revista Brasileira de Zootecnia, v. 39, n. 8, p. 1717-1722, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 8. | | PEREIRA, R. J.; VERNEQUE, R. da S.; LOPES, P. S.; SANTANA JUNIOR, M. L.; LAGROTTA, M. R.; TORRES, R. A.; VERCESI FILHO, A. E.; MACHADO, M. A. Milk yield persistency in brazilian gyr cattle based on a random regression model. Genetics and Molecular Research, v. 11, n. 2., p. 1599-1609, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 9. | | LAGROTTA, M. R.; EUCLYDES, R. F.; VERNEQUE, R. S.; PEIXOTO, M. G. C. D.; TEODORO, R. L.; PEREIRA, R. J.; SANTANA JÚNIOR, M. L.; VELOSO, A. V.; LIMA, H. J. D. A. Associação entre características do sistema mamário e produção de leite em vacas da raça Gir. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 7., 2008, São Carlos. Anais... São Carlos: SBMA, 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| 10. | | LAGROTTA, M. R.; EUCLYDES, R. F.; VERNEQUE, R. S.; PEIXOTO, M. G. C. D.; TEODORO, R. L.; SANTANA JÚNIOR, M. L.; PEREIRA, R. J.; VELOSO, A. V.; LIMA, H. J. D. A. Estimação de parâmetros genéticos para características morfológicas e de produção de leite em vacas da raça Gir. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 7., 2008, São Carlos. Anais... São Carlos: SBMA, 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| Registros recuperados : 10 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
